L'eau et la navigation ont joué un rôle important dans l'histoire de Tholen. Le Heenetrecht, l'actuel Eendracht, faisait partie de la voie navigable entre Anvers et Dordrecht. Un 'Cog' (vaisseau à crémaillère) est représenté sur les sceaux de Tholen. Tholen devait servir le seigneur territorial en temps de guerre, avec un « rouage » avec un équipage de 31 hommes. Le XVIe siècle a été caractérisé par de fortes ondes de tempête et des inondations, et la ville a également beaucoup souffert de la guerre contre le roi d'Espagne Philippe II. Vers 1600, un tout nouveau système défensif de remparts et de forteresses est construit.
Une structure de soutènement dans le port a été achevée en 2017. Cela était nécessaire, car le lac Volkerak-Zoom avait été aménagé comme le plus grand lac de retenue d'eau des Pays-Bas.
A la fin des années 1960, les travaux de creusement du canal Escaut-Rhin commencent. L'ancien bras de la rivière près de la ville a été coupé pour créer un nouveau grand port pour Tholen, qui est depuis lors principalement utilisé par les bateaux de plaisance.
Le 22 octobre 1986, le barrage d'Oester a été fermé, créant le lac Zoom. L'écluse de Bergsediep dans ce barrage, qui mesure 34 m de long et 6.5 m de large, est trop petite pour les gros bateaux de pêche. Cependant, les petits navires peuvent passer rapidement, sans que l'eau salée ne cause beaucoup de dommages au lac Zoom, désormais d'eau douce. Tholen est accessible aux grands navires via le canal Escaut-Rhin.
Le chantier naval Duivendijk est établi à Tholen depuis 1872. A cette époque, l'ostréiculture était en plein essor et il y avait un besoin urgent d'un chantier naval pour assurer l'entretien des navires. L'entreprise familiale s'est développée de la construction de bateaux de pêche à la construction de yachts.
A partir de 1865, des tentatives régulières sont faites pour établir une liaison fixe avec le Brabant. Ceux-ci ont toujours été infructueux, jusqu'à ce qu'un terrible accident avec un bus de passagers se produise en 1925. En descendant du ferry, le bus a glissé en arrière dans l'eau et 7 personnes sont mortes. Ce triste événement a probablement aidé à obtenir l'approbation finale pour la construction du pont. Le pont a été ouvert, en grande fête, en octobre 1928. Ce pont a été utilisé pendant près de 50 ans, jusqu'à ce qu'il devienne superflu en raison du creusement du canal Escaut-Rhin et de la construction d'un nouveau pont, qui a été inauguré en janvier 1971.
Dans la seconde moitié du XVIIIe siècle, l'ostréiculture se développe rapidement. Après le rude hiver de 1963 et la construction du Delta Works, cette culture a disparu des eaux près de Tholen, car l'eau salée a été remplacée par de l'eau douce.
