Wasser und Schifffahrt haben in der Geschichte von Tholen eine wichtige Rolle gespielt. Die Heenetrecht, die heutige Eendracht, war Teil der Wasserstraße zwischen Antwerpen und Dordrecht. Auf den Siegeln von Tholen ist eine „Kogge“ (ein von einer Kogge gebautes Schiff) abgebildet. Tholen musste dem Territorialherrn in Kriegszeiten mit einer „Kogge“ mit 31 Mann Besatzung dienen. Das 16. Jahrhundert war geprägt von hohen Sturmfluten und Überschwemmungen, auch im Krieg gegen den spanischen König Philipp II. litt die Stadt schwer. Um 1600 wurde ein völlig neues Verteidigungssystem aus Wällen und Festungen errichtet.
Ein Stützbauwerk im Hafen wurde 2017 fertiggestellt. Dies war notwendig, da der Volkerak-Zoom-See als größter Wasserspeichersee der Niederlande angelegt worden war.
Ende der 1960er-Jahre wurde mit dem Graben des Schelde-Rhein-Kanals begonnen. Der alte Flussarm in der Nähe der Stadt wurde abgeschnitten, um einen neuen großen Hafen für Tholen zu schaffen, der seitdem hauptsächlich von Freizeitbooten genutzt wird.
Am 22. Oktober 1986 wurde die Oestertalsperre geschlossen, wodurch der Zoomsee entstand. Die Bergsediep-Schleuse in diesem Damm ist mit 34 m Länge und 6.5 m Breite zu klein für große Fischereifahrzeuge. Kleine Schiffe können jedoch schnell passieren, ohne dass das Salzwasser dem jetzt Süßwasser-Zoom-See großen Schaden zufügt. Tholen ist über den Schelde-Rhein-Kanal für große Schiffe erreichbar.
Die Duivendijk-Werft ist seit 1872 in Tholen ansässig. Damals war die Austernzucht auf dem Vormarsch und es bestand dringender Bedarf an einer Werft zur Wartung der Schiffe. Das Familienunternehmen entwickelte sich vom Bau von Fischereifahrzeugen zum Bau von Yachten.
Ab 1865 wurde regelmäßig versucht, eine feste Verbindung mit Brabant herzustellen. Diese blieben stets erfolglos, bis sich 1925 ein schrecklicher Unfall mit einem Personenbus ereignete. Beim Abfahren von der Fähre rutschte der Bus rückwärts ins Wasser, 7 Menschen starben. Dieses traurige Ereignis hat wahrscheinlich dazu beigetragen, die endgültige Genehmigung für den Bau der Brücke zu erhalten. Die Brücke wurde im Oktober 1928 unter großen Feierlichkeiten eröffnet. Diese Brücke wurde fast 50 Jahre lang genutzt, bis sie durch den Graben des Schelde-Rhein-Kanals und den Bau einer neuen Brücke, die im Januar 1971 eröffnet wurde, überflüssig wurde.
In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts wuchs die Austernzucht rasant. Nach dem strengen Winter 1963 und dem Bau der Deltawerke verschwand diese Kultivierung aus den Gewässern bei Tholen, weil das Salzwasser durch Süßwasser ersetzt wurde.
